Hợp tác quốc tế là trong các thế mạnh của Viện NCPT ĐBSCL. Với đặc thù là cơ quan nghiên cứu liên ngành, Viện đã và đang hợp tác với nhiều đối tác quốc tế nghiên cứu trên các lĩnh vực chọ tạo giống lúa, bảo tồn đa dạng sinh học, hệ thống canh tác bền vững, sử dụng hợp lý tài nguyên, quản lý nước, xoá đói giảm nghèo, phân tích chuỗi giá trị ngành hàng nông nghiệp, an ninh lương thực, thích ứng biến đổi khí hậu,...

2. Tổ chức quốc tế

• ADB (Ngân hàng Phát triển Châu Á)
• EEPSEA (Chương trình Kinh tế Môi trường Đông Nam Á)
• FAO (Tổ chức Lương Nông Liên Hiệp Quốc)
• ICLARM (Trung tâm Quản lý Nguồn lợi Thuỷ sản Quốc tế)
• IFAD (Quỹ Phát triển Nông nghiệp Quốc tế)
• IWMI (Viện Quản lý Nước Quốc tế)
• ILRI (Viện Nghiên cứu Chăn nuôi Quốc tế)
• IIRR (Viện Tái thiết Nông thôn)
• IRRI (Viện Nghiên cứu Lúa Quốc tế)
• SEARICE (Tổ chức Tăng cường Năng lực Cộng đồng Đông Nam Á)
• UNDP (Chương trình Phát triển Liên Hiệp Quốc)
• WB (Ngân hàng Thế giới)

3. Tổ chức chính phủ và phi chính phủ

• ACIAR (Trung tâm Nghiên cứu Nông nghiệp Quốc tế Úc)
• AusAID (Cơ quan Phát triển Quốc tế Úc)
• CARE
• CIDA (Tổ chức Phát triển Quốc tế Canada)
• CIRAD (Trung tâm Hợp tác Quốc tế Nghiên cứu Nông học vì sự Phát triển)
• CSIRO (Cơ quan Nghiên cứu Khoa học và Công nghiệp Khối Thịnh Vượng Chung)
• EC (Cộng đồng Châu Âu)
• EDF (Quỹ Bảo vệ Môi trường, Mỹ)
• GTZ/GIZ (Tổ chức Dịch vụ Hợp tác Phát triển Đức)
• JICA (Tổ chức Hợp tác Quốc tế Nhật Bản)
• JIRCAS (Trung tâm Nghiên cứu Nông nghiệp Quốc tế Nhật Bản)
• IDRC (Trung tâm Nghiên cứu Phát triển Quốc tế Canada)
• IFPRI (Viện Nghiên cứu Chính sách Lương thực Quốc tế)
• IPGRI (Trung tâm Nguồn Gene Cây trồng Quốc tế)
• IVA/TRIAS (Mình vì mọi người, Bỉ)
• OXFAM Anh
• OXFAM Mỹ
• SIDA/SAREC (Tổ chức Phát triển Quốc tế Thuỵ Điển)
• SEI (Viện Nghiên cứu Môi trường Stockholm Thuỵ Điển)
• VVOB (Tổ chức Hợp tác Phát triển và Hỗ trợ Kỷ thuật, Bỉ)

4. Các trường đại học

• Đại học Arkasas, Mỹ
• Đại học Bonn, Đức
• Đại học Chaing Mai, Thái Lan
• Đại học Khoa học Nông nghiệp Gembloux, Bỉ
• Đại học Kyoto, Nhật Bản
• Đại học Leuven, Bỉ
• Đại học MIE, Nhật bản
• Đại học RMIT, Úc
• Đại học Stirling, Scotland
• Đại học Tokyo, Nhật Bản
• Đại học Liện Hiệp Quốc (UNU-EHS), Đức
• Đại học Wageningen, Hà Lan
• Viện Công nghệ Á Châu (AIT), Thái Lan